为避免上届女子双打比赛中有运动员为了“走线”挑选下轮对手而消极作赛等负面事件再次发生（因为每小组最后一轮无法同时比赛或者相互影响的两组不会同时比赛，使其晚场的参赛者知道早场的比赛结果），世界羽联先后在2014年2月11日及2015年5月举行的年度大会期间，发布了调整2016年里约奥运会参赛限额，以及对参赛资格和竞赛规程的新规定[2]。新规定主要内容包括：
修订国家奥委会的最高参赛名额[2]
男、女单打项目的最大参赛限额由3个缩减为2个。
随著单打项目参赛名额减少，每个国家奥委会的最高参赛名额也由18人缩减至16人（男女各8人）。
主办国只获分配两个单打项目各1名运动员的参赛名额，双打项目不给予参赛名额。
修订运动员参赛资格规定[2]
所有运动员都必须在奥运资格周期内，参加至少3个有奥运积分赛事中的比赛。
修订确定种子所依据世界排名的日期[2]
确定比赛种子的程序将从确定参赛资格日（即2016年5月5日），延后至重新分配未使用名额的截止日（即2016年7月18日）后进行。换言之确定比赛种子的程序所依据的世界排名，将更贴近奥运比赛的日期，会更公平。
修订比赛方法[2]
单打的小组数目将视乎最终总参赛人数而定；38人参赛设12组、39至41人参赛设13组、42至44人参赛设14组、45至47人参赛设15组、48至50人参赛则设16组。每个小组的人数为3至4人。因应参赛人数的不同，小组将按既定的次序删除（B→O→F→K）；种子位置和轮空位置亦会按既定的次序安排。仍然是各小组第一晋级，并直接进入16强既定位置。
双打项目在第二阶段的淘汰赛时将会重新抽签；来自同一小组的两对选手在淘汰赛阶段将被分开（其中会先抽B1和C1会在准决赛与A1碰头，再抽A2、B2、C2、D2，若两者为同组即重抽），情形如下面所示。
其中“第二阶段的8强淘汰赛时将会重新抽签，且来自同一小组的两对选手在淘汰赛阶段将被分开”类似的模式的部分可能会在之后其他比赛项目跟进。
半准决赛
准决赛
决赛
A1
A组首名
小组次名（抽签决定）
B/C组首名（抽签决定）
小组次名（抽签决定）
小组次名（抽签决定）
B/C组首名（抽签决定）
铜牌赛
小组次名（抽签决定）
D1
D组首名